EN

Anaconda

Konfiguracja

Moduł Anaconda jest dostępny na superkomputerach Topola oraz Okeanos.

Jeżeli wymagane jest użycie miedostępnych w podstawowym środowisku Anaconda bibliotek języka Python, należy je zainstalować samodzielnie z wykorzystaniem środowiska wirtualnego. Można to zrobić według poniższej instrukcji.

Uruchamiamy sesję interaktywną.

Przy pierwszym uruchomieniu może być konieczna dodatkowa konfiguracja środowiska Anaconda.

Ładujemy moduł Anaconda Pythona z listy dostępnego modułu.

Sprawdzamy że działa, przykładowo listując domyślnie zainstalowane biblioteki conda list oraz wywołując komendę python.

$ conda list
$ python
Python 3.8.3 (default, Jul  2 2020, 16:21:59) 
[GCC 7.3.0] :: Anaconda, Inc. on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

Logujemy się do nowej powłoki bash -l
Tworzymy środowisko wirtualne conda create --prefix $HOME/envs/my_env_name python=3
Aktywujemu środowisko conda activate $HOME/envs/my_env_name

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Zgodnie z sugestią, inicjalizujemy środowisko, np conda init bash. Polecenie to doda zmienne aktywujące Anacondę do pliku ~/.bashrc; Plik ten jest automatycznie wczytywany podczas otwierania powłoki bash. W celu trwałego pożegnania się z Anacondą należy ręcznie zmodyfikować plik ~/.bashrc.

==> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <==

Zgodnie z kolejną sugestią, zamykamy powłokę (Ctrl+D lub exit).

Następnie (lub przy kolejnym uruchomieniu):

Ponownie otwieramy powłokę bash -l.
Aktywujemy środowisko wirtualne conda activate $HOME/envs/my_env_name
Jeśli jest potrzeba instalujemy dodatkowe biblioteki conda install --channel $URL $PACKAGE_NAME
Środowisko wirtualne jest gotowe. Po zakończeniu pracy wystarczy wydać polecenie conda deactivate, a wracając do pracy należy pamiętać, żeby je wcześniej aktywować (punkt 1,2) - dopiero wówczas zainstalowane lokalnie biblioteki będą dostępne.

Przydatne linki: