Instalacja nowego oprogramowania

EN: This page is not translated to English.

Dostępność oprogramowania oraz wymagania dla instalacji nowych programów na komputerach ICM opisane są tu. Ze względów bezpieczeństwa, administratorzy nie mogą instalować mało rozpoznawalnego i słabo udokumentowanego oprogramowania w systemie.

W takiej sytuacji użytkownik może zainstalować program lokalnie, na swoim koncie.

Ogólna procedura

Aplikacje różnią się między sobą. Poniższa, ogólna procedura może stanowić punkt startowy.

Ściągnięcie kodu źródłowego

wget https://somewhere.com/archive.tar.gz
tar -zxvf archive.tar.gz
# lub
git clone https://github.com/somewhere/something.git

Instalacja programu w lokalnym katalogu

Instalacja programu w lokalnym katalogu użytkownika, np. $HOME/myapps.

cd extracted_archive
make configure
./configure --prefix=$HOME/myapps
make
make install

Wybór kompilatora - Okeanos

Superkomputer Okeanos został zbudowany przez firmę Cray. Udostępnia ona polecenia cc/CC, które są uniwersalnym opakowaniem na kompilatory języka C/C++. Pod maską używany jest żądany kompilator (gcc, icc, itp.) oraz odpowiednie biblioteki MPI. Po załadowaniu żądanego środowiska, należy używać tylko polecenia cc/CC. Na przykład:

$ module list
...
...
PrgEnv-cray/6.0.5 # środowisko domyślne
...
...

$ cc --version
Cray clang version 9.0.2 (2a3a7003aaa5b93e2070bde59a5ee6b9682b67d7) (based on LLVM 9.0.0svn)
Target: x86_64-unknown-linux-gnu
Thread model: posix
InstalledDir: /opt/cray/pe/cce/9.0.2/cce-clang/x86_64/bin

$ module switch PrgEnv-cray PrgEnv-intel
$ cc --version
icc (ICC) 19.1.0.166 20191121
Copyright (C) 1985-2019 Intel Corporation.  All rights reserved.

$ module switch PrgEnv-intel PrgEnv-gnu
$ cc --version
gcc (GCC) 8.3.0 20190222 (Cray Inc.)
Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
$ CC --version
g++ (GCC) 8.3.0 20190222 (Cray Inc.)
Copyright (C) 2018 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

Dodatek - zmienna $PATH

Aby nie musieć każdorazowo wpisywać pełnej ścieżki do programu w celu jego uruchomienia, można zmodyfikować systemową zmienną $PATH.

Więcej w Google: How to set your $PATH variable in Linux

Różne systemy mogą mieć ustawione różne domyślne powłoki.

echo "$SHELL"
/bin/tcsh # topola i okeanos
/bin/bash # rysy

Przykładowo, aby aktywować powłokę bash, należy wpisać /bin/bash -l w linii poleceń. Następnie, aby zmodyfikować zmienną $PATH dla powłoki bash, to należy zmodyfikować plik ~/.bashrc

export PATH=$PATH:$HOME/myapps/application_XYZ/place_with_the_file

Plik ten wczytywany automatycznie w trakcie ładowania powłoki bash (np. podczas logowania - o ile bash jest ustawiony jako domyślna powłoka). Aby nie logować się ponownie, wystarczy wczytać plik ~/.bashrc.

$ source ~/.bashrc

Celem ćwiczenia, użytkownik może dodać poniższe linie do pliku ~/.bashrc

alias say_something='/usr/bin/echo '
alias say_hello_user="say_something hello ${USER}"

Następnie można sprawdzić działanie nowych skrótów:

[someone@hpc ~]$ say_hello_user
say_hello_user: Command not found.
$ source ~/.bashrc
... some errors - powłoka tcsh nie interpretuje niektórych komend bash'a
[someone@hpc ~]$ bash -l
[someone@hpc ~]$ say_something blahblah
blahblah
[someone@hpc ~]$ say_hello_user
hello someone

Dla innych powłok procedura jest podobna.

Chcąc zmienić powłokę należy wpisać bash | tcsh | ksh w linii poleceń.

Dodatek - domyślna powłoka

Q: Chciałbym aby bash był domyślną powłoką po zalogowaniu.

A: Należy utworzyć/zmodyfikować plik ~/.login, wtedy po zalogowaniu będzie uruchamiana powłoka bash.

[user@hpc ~]$ cat .login 

if ("$SHELL" != "/bin/bash") then
    setenv SHELL "/bin/bash"
    exec /bin/bash -l    # -l: login shell again
endif