EN: This page is not translated to English.

Obsługa licencji Gaussian

Zasady dostępu do licencji

Umieszczanie w publikacjach, na plakatach itp. informacji o wykorzystanym oprogramowaniu według informacji na stronie Gaussiana.
Umieszczanie w publikacjach, na plakatach itp. informacji o miejscu wykonywanych obliczeń.
Przesłanie corocznego sprawozdania z wykonanych obliczeń do końca stycznia na adres e-mail gaussian-licencja(monkey)icm.edu.pl
Nieprzesłanie sprawozdania w zadanym terminie będzie skutkowało zablokowaniem dostępu do programu Gaussian w ICM.
Sprawozdanie dotyczące wykorzystania oprogramowania Gaussian udostępnianego przez ICM powinno zawierać następujące informacje:
- określenie tematyki badawczej (spis bieżących, planowanych i ukończonych projektów/grantów), do realizacji której program jest wykorzystywany - wystarczy wypunktowana lista tematów;
- lista publikacji, powstałych dzięki wykorzystaniu oprogramowania Gaussian;
- wykorzystywanie oprogramowania w realizacji prac licencjackich, magisterskich oraz doktorskich itp. - należy podać tytuły oraz autorów i ich afiliacje.

Wnioskowanie o licencję jest opisane tu.

Gaussian

Gaussian to jeden z najpopularniejszych i najczęściej używanych programów do obliczeń kwantowo-mechanicznych. Dzięki łatwości użycia już po kilku minutach można przygotować dane wejściowe do programu (input), a dzięki wielorakim możliwościom programu można uzyskać interesujące nas informacje o układzie molekularnym. Obecnie dzięki modelowi ONIOM zakres stosowania tego oprogramowania znacznie sie rozszerzył - można bowiem łączyć obszary, które chcemy badać na poziomie ab initio z obszarami opisywanymi na bardziej uproszczonym poziomie (półempirycznym, czy mechaniki molekularnej).

Wśród wielu możliwości najczęściej wykorzystywane są:

obliczenie energii oraz optymalizacja struktury układu na poziomie półempirycznym, HF, post-HF (MP2, MP4, CI, QCISD, CCSD, CBS itp.), DFT;
wyznaczanie stanów przejściowych (TS) reakcji;
obliczanie częstości drgań (widm w podczerwieni i ramanowskich);
wyznaczanie energii tworzenia (thermochemical properties);
wyznaczanie momentów multipolowych, ładunków atomowych, polaryzowalności, hiperpolaryzowalności;
wyznaczanie rozkładów gęstości elektronowej, potencjału molekularnego (MEP), kształtu orbitali molekularnych;
wyznaczanie stałych ekranowania i przenikalności magnetycznej (NMR).

Oprogramowanie Gaussian może być uruchamiane praktycznie na każdym komputerze - od PC (Windows, Linux), poprzez stacje robocze (SGI, SUN, IBM itd.), po komputery dużej mocy typu CRAY (SV1, T3E), NEC SX, SGI Origin 3000, i inne. Na komputerach równoległych Gaussian może być wykonywany na kilku procesorach jednocześnie zarówno w modelu SMP, jak i distributed memory.

Oprogramowanie jest ciągle rozwijane przez kilka grup naukowców na całym świecie.

Przykładowy skrypt Slurm

#!/bin/bash -l
#SBATCH -J GAUSSIAN_TEST
#SBATCH --nodes 1
#SBATCH --ntasks-per-node 12
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00
#SBATCH -A GXX-YY
#SBATCH --partition  topola
#SBATCH --output="job.out"

module load apps/gaussian/g16.C.02 
g16 < /apps/gaussian/g16_tests/water.g16

# przykładowy plik input.dat znajduje się w /apps/gaussian/g16_tests/water.g16
# --ntasks-per-node powinno być równe %nproc=12 w input.dat
# --mem definuje przydział pamięci dla zadania w MB (per node); powinno być większe niż w input.dat
# -A należy podać numer alokacji

Następnie należy zlecić zadanie wykonując komendę sbatch job.sl.

Operacyjność aplikacji zainstalowanych na komputerach ICM można sprawdzić na stronie CI.