Przejdź do treści

Dostępne oprogramowanie

Informacje ogólne

Status aplikacji i przykłady

Na stronie CI status przedstawiona jest operacyjność aplikacji zainstalowanych na komputerach ICM. Dostępnę są też przykłady do ściągnięcia.

Zbiór aplikacji dostępnych na komputerach ICM ulega częstym zmianom – w szczególności pod względem zainstalowanych wersji. Poniższa lista zawiera najważniejsze z nich, jednak należy mieć na uwadze, że może nie uwzględniać niedawnych zmian.

Czy możemy zainstalować aplikację X? W większości przypadków tak – pod warunkiem, że jej licencja na to pozwala. Preferowane jest tym samym oprogramowanie objęte jedną z wolnych licencji, również tych, które nie są kompatybilne z GNU GPL, ale spełniają definicję wolnego oprogramowania.

Użytkownicy ICM mają ponadto dostęp do aplikacji objętych licencjami krajowymi. W przypadku programów, które nie należą do tej kategorii, a nie są objęte wolną licencją, obowiązek pozyskania licencji i dopełnienia jej warunków spoczywa na Użytkowniku.

Prośby o instalację aplikacji należy zgłaszać tu.

Samodzielna instalacja oprogramowania

Użytkownicy mają także możliwość samodzielnej kompilacji i instalacji oprogramowania z wykorzystaniem dostępnych w systemach narzędzi. W tym przypadku również mają zastosowanie powyższe uwagi dotyczące licencji. Przykładowa instrukcja dostępna jest tu.

Dostępne aplikacje

Wersje Aplikacji

Wersje aplikacji na poszczególnych maszynach

Generated on: pon, 10 sty 2022, 13:07:07 CET

abinit/8.10.1
abinit/8.10.3(default)
abinit/8.10.3-patch
abinit/9.4.1

ambertools/20

bedtools2/2.29.2

castep/19.11
castep/20.11

cp2k/6.1.0(default)
cp2k/8.2.0

espresso/6.1
espresso/6.1.0(default)
espresso/6.2.1
espresso/6.4
espresso/6.5
espresso/6.6
espresso/6.7

fluent/17.0
fluent/17.1
fluent/18.0
fluent/19.1
fluent/21.1

gromacs/2018.4-plumed
gromacs/2019.0
gromacs/2020(default)

julia/1.3.0

lammps/29Sep21
lammps/31Mar17
lammps/5Jun19(default)

ls-dyna/10.1.0(default)
ls-dyna/11.0.0
ls-dyna/11.1
ls-dyna/8.0.0

module_permission_check

namd/2.11
namd/2.13(default)

ncl/6.6.2

nwchem/6.6
nwchem/6.8

openfoam/1218(default)

openmx/3.9.2

r/3.4.2
r/4.0.3

rsem/1.3.3

samtools/1.10

siesta/4.1
siesta/4.1-b4

socketauth/1.3.1-7.0.1.1_1.7__gfdd1da0.ari(default)
tau/2.30

tensorflow/1.13.0

vasp/5.2.12
vasp/5.4.4(default)
vasp/5.4.4_optics
vasp/5.4.4-spinorb
vasp/5.4.4_vtst
vasp/5.4.4_wannier_patch
vasp/6.1.1
vasp/6.2.1
vasp/6.2.1-gnu

vtstscripts/93

wannier90/3.1.0-gnu
wannier90/3.1.0-intel

xz/5.2.4

yambo/5.0.3

Generated on: pon, 10 sty 2022, 13:04:48 CET

abinit/8.0.6
abinit/8.10.3(default)
abinit/8.4.4
abinit/9.2.2
abinit/9.4.1

ambertools/20

bedtools/2.30.0

cp2k/6.1.0(default)

cpmd/v4

crystal/17

cufflinks/2.2.1

dalton/2015
dalton/2020

elk/4.3.6(default)
elk/6.8.4

espresso/5.0.2
espresso/5.0.3
espresso/6.1.0(default)
espresso/6.3.0
espresso/6.5
espresso/6.7

fluent/15.0
fluent/18.0
fluent/18.2(default)
fluent/19.0
fluent/20.1
fluent/21.1

gaussian/g09.B.01
gaussian/g09.D.01
gaussian/g09.E.01
gaussian/g16.A.01(default)

gromacs/2020
gromacs/5.1.1(default)

hadoop/cdh-4.3.0
hadoop/cdh-tt-4.3.0

hisat2/2.2.1

julia/1.1.1

lammps/14Dec21
lammps/16Mar18_mpi3_rigid
lammps/5Jun19(default)

mathematica/10.3
mathematica/11.0

matlab/R2016b(default)

meep/1.14
meep/1.3

module_permission_check

namd/2.13(default)
namd/2.14

ncbi_blast/2.11.0

nwchem/6.8(default)

octave/5.2.0

openfoam/2.1.1
openfoam/5.0

orca/4.2.1
orca/5.0.1

picard-tools/2.24.0

plumed/2.2.1

r/3.5.1
r/4.0.3

rosetta/2020.08.61146

rsem/1.3.3

samtools/1.11

scratch1D/2.0

siesta/4.0b
siesta/4.1-b4

singular/4.2.1

soapnuke/2.1.5

star/2.7.7a

stringtie/2.1.5

subread/2.0.1

trimmomatic/0.39

vasp/5.4.1
vasp/5.4.4(default)
vasp/5.4.4_wannier
vasp/5.4.4_wannier_patch
vasp/6.1.1

wannier90/2.0.1
wannier90/3.0.0(default)
wannier90/3.1.0

#!/bin/bash

# this scripts generates a list of available applications based on modules.

FILE="list_of_apps.txt"
rm -f $FILE

echo "Generated on: $(date)" >>  $FILE
for app in $(ls /apps/modulefiles/apps/); do
    echo -e "================ APP: $app ==============\n"
    echo "" >>  $FILE
    if [ ! "$app" == "r" ]
    then     
        module avail -t 2>&1 | grep -i $app | grep -v "@" | sed 's/apps\///' | sort | uniq | tee -a $FILE
    else
        module avail -t 2>&1 | grep -i apps/r/ | grep -v "@" | sed 's/apps\///' | sort | uniq | tee -a $FILE
    fi
done

Opis aplikacji

ABINIT

  • A software suite to calculate the optical, mechanical, vibrational, and other observable properties of materials. Starting from the quantum equations of density functional theory, you can build up to advanced applications with perturbation theories based on DFT, and many-body Green's functions (GW and DMFT). ABINIT can calculate molecules, nanostructures and solids with any chemical composition, and comes with several complete and robust tables of atomic potentials (za stroną internetową projektu).

  • https://www.abinit.org

  • Licencja: GNU General Public License
  • Dostępność: Topola, Okeanos

AMBER

  • A suite of biomolecular simulation programs.
  • https://ambermd.org/
  • Licencja krajowa
  • Dostępność: Okeanos

ANSYS Fluent

CP2K

  • A quantum chemistry and solid state physics software package that can pe rform atomistic simulations of solid state, liquid, molecular, periodic, material, crystal, and biological systems. CP2K provides a general framework for different modeling methods such as DFT using the mixed Gaussian and plane waves approaches GPW and GAPW. Supported theory levels include DFTB, LDA, GGA, MP2, RPA, semi-empirical methods (AM1, PM3, PM6, RM1, MNDO, ...), and classical force fields (AMBER, CHARMM, ...). CP2K can do simulations of molecular dynamics, metadynamics, Monte Carlo, Ehrenfest dynamics, vibrational analysis, core level spectroscopy, energy minimization, and transition state optimization using NEB or dimer method. (za stroną internetową projektu).

  • https://www.cp2k.org/

  • Licencja: GNU General Public License
  • Dostępność: Topola, Okeanos

CPMD

  • A parallelized plane wave / pseudopotential implementation of Density Functional Theory, particularly designed for ab-initio molecular dynamics (za stroną internetową projektu).

  • https://www.cpmd.org

  • Licencja: własnościowa, gratis dla organizacji non-profit
  • Dostępność: Topola

DALTON

ELK

  • An all-electron full-potential linearised augmented-plane wave (LAPW) code.

  • http://elk.sourceforge.net/

  • Licencja: GNU General Public License

  • Dostępność: Topola, Okeanos

GAUSSIAN

  • Electronic structure modelling software.

  • https://gaussian.com/

  • Licencja: własnościowa
  • Dostępność: Topola

GROMACS

  • GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles (za stroną internetową projektu).

  • http://www.gromacs.org

  • Licencja: GNU Lesser General Public License
  • Dostępność: Topola, Okeanos

JULIA

  • The Julia Programming Language designed for high performance.
  • https://julialang.org
  • Licencja: MIT License
  • Dostępność: Topola

LAMMPS

  • A classical molecular dynamics code with a focus on materials modeling. It's an acronym for Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.
  • https://lammps.sandia.gov
  • Licencja: GNU General Public License
  • Dostępność: Topola, Okeanos

LD-DYNA

NAMD

NWChem

OpenFOAM

  • Free and open source CFD software.
  • https://www.openfoam.com/
  • Licencja: GNU General Public License
  • Dostępność: Topola, Okeanos

ORCA

QUANTUM ESPRESSO

  • An integrated suite of Open-Source computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale. It is based on density-functional theory, plane waves, and pseudopotentials (za stroną internetową projektu).
  • https://www.quantum-espresso.org/
  • Licencja: GNU General Public License
  • Dostępność: Topola, Okeanos

R

  • R is a free software environment for statistical computing and graphics.
  • https://www.r-project.org
  • Licencja: GNU General Public License
  • Dostępność: Topola, Okeanos

SIESTA

  • SIESTA is both a method and its computer program implementation, to perform efficient electronic structure calculations and ab initio molecular dynamics simulations of molecules and solids. SIESTA's efficiency stems from the use of a basis set of strictly-localized atomic orbitals (za stroną internetową projektu).
  • https://departments.icmab.es/leem/siesta/
  • Licencja: GNU General Public License (od wersji 4.0)
  • Dostępność: Topola, Okeanos

VASP

  • The Vienna Ab initio Simulation Package: atomic scale materials modelling from first principles.
  • https://www.vasp.at
  • Licencja: własnościowa
  • Dostępność: Topola, Okeanos
Ta strona używa plików cookies.
 Polityka Prywatności    AKCEPTUJĘ