Aktualizacja systemu Topola
W najbliższych dniach będzie przeprowadzona aktualizacja systemu operacyjnego oraz całego stosu aplikacji na klastrze Topola. Prosimy o zapoznanie się z poniższą informacją, gdyż aktualizacja może spowodować zaprzestanie działania dotychczas zlecanych przez Państwa zadań obliczeniowych.
Termin
Aktualizacja rozpocznie się 18.12 w trybie ciągłym. Oznacza to, że węzły kończące zadania będą indywidualnie aktualizowane. Z Państwa punktu widzenia Topola pozostanie cały czas dostępna. W czasie trwania procesu aktualizacji mogą być Państwu przydzielane zarówno stare jak i nowe węzły.
Konsekwencje
Po aktualizacji na węzłach zainstalowany zostanie system operacyjny Rocky9. Co dla Państwa ważniejsze, aktualizacja dotyczy także wszystkich instalacji aplikacji. W zależności od Państwa trybu pracy, może to mieć następujące konsekwencje:
Osoby korzystające wyłącznie z aplikacji ładowanych poprzez moduły
Jeżeli zlecane przez Państwa skrypty ładują jedynie moduły aplikacji, a następnie wywołują je z plikiem wsadowym, to nie powinniście Państwo zauważyć aktualizacji. Jedyne co może ulec zmianie to wersja dostępnego oprogramowania (na nowszą). Na dole niniejszej wiadomości znajdziecie Państwo listę aplikacji, które planujemy utrzymywać. Prosimy o sprawdzenie, że używane przez Państwa oprogramowanie znajduje się na liście. Ewentualne braki prosimy zgłaszać na adres pomoc@icm.edu.pl. Zwracamy uwagę, że jeżeli wykorzystywane przez Państwa aplikacje tworzą w Państwa katalogu domowym jakiegoś rodzaju cache, może być konieczne jego usunięcie i ponowne wygenerowanie. W szczególności, jeżeli korzystacie Państwo z Condy do instalacji paczek Pythonowych w wirtualnych środowiskach, zapewne konieczne będzie usunięcie katalogu $HOME/.conda i ich ponowna instalacja.
Osoby kompilujące własne oprogramowanie
Zbudowane przez Państwa dotychczas oprogramowanie po aktualizacji przestanie działać. Konieczna będzie ponowna kompilacja w oparciu o nowy stos bibliotek i kompilatorów. Prosimy o weryfikację, że potrzebne Państwu biblioteki zostały wymienione w zestawieniu końcu tej wiadomości.
Ponadto, miło nam poinformować Państwa, że nowy stos aplikacji zainstalowany został z wykorzystaniem managera paczek Spack. Globalna instancja Spacka jest dla Państwa dostępna w katalogu /apps/spack/current. Serdecznie zachęcamy do wykorzystywania go w celu ułatwienia i przyspieszenia Państwa instalacji. Możecie Państwo podłączyć swoją prywatną instancję do tej globalnej (https://spack.readthedocs.io/en/latest/chain.html), dzięki czemu wszystkie zainstalowane przez nas biblioteki staną się dla Państwa bezpośrednio widoczne. Więcej informacji pojawi się w najbliższym czasie na naszym wiki: https://kdm.icm.edu.pl/Tutorials/HPC-intro/instalacja_oprogramowania_spack/?h=spack.
Lista utrzymywanych aplikacji
abinit 10.0.9 amber-tools 24 ansys 2024.2 cp2k 2024. dalton 2020.0 dftbplus 23.1 elk 8.3.22 elpa 2023.11 fftw 3.3.10 gaussian X gcc 13.2 grads 2.2.3 hdf5 1.14 kokkos 4.2.1 libxc 6.2.2 mathematica X matlab 2024b metis 5.1.0 netlib-scalapack 2.2.0 nwchem 7.2.3 openblas 0.3.26 openjdk 11.0.20 openmpi 5.0.3 openmx 3.9 orca 5.0.3 quantum espresso 7.3.1 r 4.4.0 siesta 5.2.0 subread 2.0.6 bedtools 2.31.1 netcdf-c 4.9.2 netcdf-fortran 4.6.1 parmetis 4.0.3 samtools 1.19.2 trilinos 15.1.1 vasp X wannier90 3.1.0