Dostępne oprogramowanie

Informacje ogólne

Status aplikacji i przykłady

Na stronie CI status przedstawiona jest operacyjność aplikacji zainstalowanych na komputerach ICM. Dostępnę są też przykłady do ściągnięcia.

Zbiór aplikacji dostępnych na komputerach ICM ulega częstym zmianom – w szczególności pod względem zainstalowanych wersji. Poniższa lista zawiera najważniejsze z nich, jednak należy mieć na uwadze, że może nie uwzględniać niedawnych zmian.

Czy możemy zainstalować aplikację X? W większości przypadków tak – pod warunkiem, że jej licencja na to pozwala. Preferowane jest tym samym oprogramowanie objęte jedną z wolnych licencji, również tych, które nie są kompatybilne z GNU GPL, ale spełniają definicję wolnego oprogramowania.

Użytkownicy ICM mają ponadto dostęp do aplikacji objętych licencjami krajowymi. W przypadku programów, które nie należą do tej kategorii, a nie są objęte wolną licencją, obowiązek pozyskania licencji i dopełnienia jej warunków spoczywa na Użytkowniku.

Prośby o instalację aplikacji należy zgłaszać tu.

Użytkownicy mają także możliwość samodzielnej kompilacji i instalacji oprogramowania z wykorzystaniem dostępnych w systemach narzędzi. W tym przypadku również mają zastosowanie powyższe uwagi dotyczące licencji.

Wersje aplikacji

Wersje aplikacji na poszczególnych maszynach

Generated on: wto, 23 cze 2020, 21:27:53 CEST

abinit/8.10.1
abinit/8.10.3(default)
abinit/8.10.3-patch

amber/14

ansys/17.0
ansys/17.1
ansys/19.1

bedtools2/2.29.2

castep/19.11

cp2k/6.1.0(default)

cpmd/v4

elk/5.2.14

espresso/6.1
espresso/6.1.0(default)
espresso/6.2.1
espresso/6.4
espresso/6.5

esys-particle/2.3.5

fluent/17.0
fluent/17.1
fluent/18.0
fluent/19.1

gromacs/2018.4-plumed
gromacs/2019.0
gromacs/2020(default)

lammps/31Mar17
lammps/5Jun19(default)

ls-dyna/10.1.0(default)
ls-dyna/11.0.0
ls-dyna/8.0.0

namd/2.11
namd/2.13(default)

ncl/6.6.2

nwchem/6.6
nwchem/6.8

openfoam/1218(default)

phonopy/1.10.4

r/3.4.2

samtools/1.10

siesta/4.1
siesta/4.1-b4

tensorflow/1.13.0

vasp/5.2.12
vasp/5.4.4(default)
vasp/5.4.4_optics
vasp/5.4.4_vtst

vtstscripts/93

xz/5.2.4
Generated on: wto, 23 cze 2020, 21:36:18 CEST

abinit/8.0.6
abinit/8.10.3(default)
abinit/8.4.4

atat/3.36

blastplus/2.2.28(default)

bwa/0.7.12(default)

cfour/1.0

chargemol/09.02.2017

cp2k/6.1.0(default)

cpmd/v4

dalton/2015



elk/4.0.15
elk/4.3.6(default)
elk/4.3.6_libxc

espresso/4.3.2
espresso/5.0.2
espresso/5.0.3
espresso/5.1.1
espresso/5.2.0
espresso/5.3.0
espresso/6.1.0(default)
espresso/6.3.0
espresso/6.5

exciting/boron
exciting/nitrogen

fluent/17.1.0
fluent/17.2.0
fluent/18.0
fluent/18.2(default)
fluent/19.0
fluent/20.1

fluka/2011.2c
fluka/2011.2c-3

freefem/3.56-1

gadget/2.0.7

gamess/2012.R2

gaussian/g09.B.01
gaussian/g09.D.01
gaussian/g09.E.01
gaussian/g16.A.01(default)

genesis/parallel/2.3.1
genesis/sequential/2.3

gromacs/2020
gromacs/5.1.1(default)

hadoop/cdh-4.3.0
hadoop/cdh-tt-4.3.0

imb/2014

julia/0.5.0
julia/0.6.2
julia/1.1.1

lammps/16Mar18
lammps/16Mar18_mpi3
lammps/16Mar18_mpi3_rigid
lammps/30Jul16
lammps/30Jul16_reax
lammps/5Jun19(default)
lammps/6Dec13-mkl

mathematica/10.3
mathematica/11.0

matlab/R2016b(default)

meep/1.14
meep/1.2
meep/1.3

migraine/0.5

mrbayes/3.2.2(default)

music/1.0

namd/2.13(default)
namd/2.9b2

newtonx/1.4.0

nwchem/6.3
nwchem/6.8(default)

octave/3.8.0

openfoam/2.1.1
openfoam/5.0

openmx/3.7

orca/3.0.1
orca/3.0.3
orca/4.0.1
orca/4.2.1

paraview/4.1.0

patran/2012.2.2

pcj-blast/0.1.0(default)

plumed/2.2.1

psi4/0b5

r/3.0.2
r/3.1.0
r/3.1.2
r/3.5.1

raspa/2.0

rosetta/2013wk48-bin
rosetta/2013wk48-bin_single(default)
rosetta/2020.08.61146

rx/gnu/3.1.2
rx/gnu/3.3.1
rx/gnu/3.3.2
rx/gnu/3.3.3
rx/gnu/3.4.0
rx/intel/3.1.2
rx/intel/3.3.1
rx/intel/3.3.2
rx/intel/3.3.3
rx/intel/3.4.0(default)

shifter/16.08

siesta/4.0b

sire/14.3


wannier90/2.0.1
wannier90/3.0.0(default)

wannier_tools/2.4.1
#!/bin/bash

# this scripts generates a list of available applications based on modules.

FILE="list_of_apps.txt"
rm -f $FILE

echo "Generated on: $(date)" >>  $FILE
for app in $(ls /apps/modulefiles/apps/); do
    echo -e "================ APP: $app ==============\n"
    echo "" >>  $FILE
    if [ ! "$app" == "r" ]
    then     
        module avail -t 2>&1 | grep -i $app | grep -v "@" | sed 's/apps\///' | sort | uniq | tee -a $FILE
    else
        module avail -t 2>&1 | grep -i apps/r/ | grep -v "@" | sed 's/apps\///' | sort | uniq | tee -a $FILE
    fi
done

Lista aplikacji

ABINIT

  • A software suite to calculate the optical, mechanical, vibrational, and other observable properties of materials. Starting from the quantum equations of density functional theory, you can build up to advanced applications with perturbation theories based on DFT, and many-body Green's functions (GW and DMFT). ABINIT can calculate molecules, nanostructures and solids with any chemical composition, and comes with several complete and robust tables of atomic potentials (za stroną internetową projektu).

  • https://www.abinit.org

  • Licencja: GNU General Public License

  • Dostępność: Topola, Okeanos

AMBER

  • A suite of biomolecular simulation programs.

  • https://ambermd.org/

  • Licencja krajowa
  • Dostępność: Okeanos

ANSYS Fluent


CP2K

  • A quantum chemistry and solid state physics software package that can pe rform atomistic simulations of solid state, liquid, molecular, periodic, material, crystal, and biological systems. CP2K provides a general framework for different modeling methods such as DFT using the mixed Gaussian and plane waves approaches GPW and GAPW. Supported theory levels include DFTB, LDA, GGA, MP2, RPA, semi-empirical methods (AM1, PM3, PM6, RM1, MNDO, ...), and classical force fields (AMBER, CHARMM, ...). CP2K can do simulations of molecular dynamics, metadynamics, Monte Carlo, Ehrenfest dynamics, vibrational analysis, core level spectroscopy, energy minimization, and transition state optimization using NEB or dimer method. (za stroną internetową projektu).

  • https://www.cp2k.org/

  • Licencja: GNU General Public License
  • Dostępność: Topola, Okeanos

CPMD

  • A parallelized plane wave / pseudopotential implementation of Density Functional Theory, particularly designed for ab-initio molecular dynamics (za stroną internetową projektu).

  • https://www.cpmd.org

  • Licencja: własnościowa, gratis dla organizacji non-profit
  • Dostępność: Topola

DALTON


ELK

  • An all-electron full-potential linearised augmented-plane wave (LAPW) code.

  • http://elk.sourceforge.net/

  • Licencja: GNU General Public License

  • Dostępność: Topola, Okeanos

EXCITING

A full-potential all-electron density-functional-theory package implementing the families of linearized augmented planewave methods. It can be applied to all kinds of materials, irrespective of the atomic species involved, and also allows for exploring the physics of core electrons. A particular focus are excited states within many-body perturbation theory (za stroną internetową projektu).


ESYS-PARTICLE

  • Open Source software for particle-based numerical modelling. The software implements the Discrete Element Method (DEM), a widely used technique for modelling processes involving large deformations, granular flow and/or fragmentation (za stroną internetową projektu).

  • https://launchpad.net/esys-particle

  • Licencja: Apache License 2.0
  • Dostępność: Okeanos

FHI-AIMS


GAMESS


GAUSSIAN

  • Electronic structure modelling software.

  • https://gaussian.com/

  • Licencja: własnościowa

  • Dostępność: Topola

GROMACS

  • GROMACS is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles (za stroną internetową projektu).

  • http://www.gromacs.org

  • Licencja: GNU Lesser General Public License
  • Dostępność: Topola, Okeanos

JULIA

  • The Julia Programming Language designed for high performance.
  • https://julialang.org

  • Licencja: MIT License

  • Dostępność: Topola

LAMMPS

  • A classical molecular dynamics code with a focus on materials modeling. It's an acronym for Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.
  • https://lammps.sandia.gov

  • Licencja: GNU General Public License

  • Dostępność: Topola, Okeanos

LD-DYNA


NAMD


NWChem


OpenFOAM

  • Free and open source CFD software.
  • https://www.openfoam.com/
  • Licencja: GNU General Public License
  • Dostępność: Topola, Okeanos

OpenMX

  • OpenMX (Open source package for Material eXplorer) is a software package for nano-scale material simulations based on density functional theories (DFT), norm-conserving pseudopotentials, and pseudo-atomic localized basis functions. The methods and algorithms used in OpenMX and their implementation are carefully designed for the realization of large-scale ab initio electronic structure calculations on parallel computers based on the MPI or MPI/OpenMP hybrid parallelism (za stroną internetową projektu).
  • http://www.openmx-square.org/

  • Licencja: GNU General Public License

  • Dostępność: Topola

ORCA


QUANTUM ESPRESSO

  • An integrated suite of Open-Source computer codes for electronic-structure calculations and materials modeling at the nanoscale. It is based on density-functional theory, plane waves, and pseudopotentials (za stroną internetową projektu).

  • https://www.quantum-espresso.org/

  • Licencja: GNU General Public License
  • Dostępność: Topola, Okeanos

R

  • R is a free software environment for statistical computing and graphics.
  • https://www.r-project.org
  • Licencja: GNU General Public License
  • Dostępność: Topola, Okeanos

SIESTA

  • SIESTA is both a method and its computer program implementation, to perform efficient electronic structure calculations and ab initio molecular dynamics simulations of molecules and solids. SIESTA's efficiency stems from the use of a basis set of strictly-localized atomic orbitals (za stroną internetową projektu).

  • https://departments.icmab.es/leem/siesta/

  • Licencja: GNU General Public License (od wersji 4.0)
  • Dostępność: Topola, Okeanos

VASP

  • The Vienna Ab initio Simulation Package: atomic scale materials modelling from first principles.
  • https://www.vasp.at
  • Licencja: własnościowa
  • Dostępność: Topola, Okeanos

Last update: June 24, 2020