Topola

Komputer
Topola.jpg
Instalacja: Klaster
Model: Huawei
Nazwa: Topola
Typ procesora: Intel Haswell
Architektura: x86
Reprezencja danych: little-endian
Częstotliwość
taktowania:
2.0 - 3.1GHz
Liczba procesorów
w węźle:
28 rdzeni
Ilość pamięci
w węźle:
64/128 GB
System plików: NFS/lustre/ext3
System operacyjny: Scientific Linux 6
System kolejkowy: SLURM
Wszystkie komputery | okeanos | boreasz | nostromo | hydra | topola
Podręcznik | Programowanie

Spis treści

Informacje ogólne

Topola jest komputerem wyposażonym w procesory Intel E5-2697 v3 (Haswell). System dostępny jest dla osób posiadających konta w infrastrukturze PL-Grid. Zasoby dostępne są również dla użytkowników ICM po przyznaniu członkostwa w grupie topolaACL. Dostęp do klastra możliwy jest poprzez ssh, podobnie, jak w przypadku innych maszyn ICM, a także przy pomocy narzędzi takich, jak: UNICORE, QosCosGrid czy gLite.

Uruchamianie obliczeń

Obliczenia na topolę możemy zlecać poprzez systemy gridowe, opisane powyżej lub poprzez bezpośredni dostęp do systemu kolejkowego. Z systemu kolejkowego można korzystać po założeniu konta i otwarciu grantu obliczeniowego, zgodnie z krokami opisanymi w Podręczniku użytkownika.

Error.png Użytkownicy posiadający już grant obliczeniowy w ICM mogą uzyskać dostęp do serwera topola po przesłaniu krótkiego uzasadnienia (planowane do wykorzystania oprogramowanie) na adres pomoc@icm.edu.pl.

Aby uruchomić zadanie przez system kolejkowy, należy :

  • zalogować się na maszynę dostępową login.icm.edu.pl
  • zlecić uruchomienie zadania w systemie kolejkowym SLURM (informacje i przykłady na osobnej stronie).

Nazwę kolejki należy wybrać zgodnie z zaleceniami z tabeli poniżej (np. plgrid dla użytkowników PL-Grid, topola - dla posiadaczy grantów obliczeniowych w ICM).

Kolejki (partycje)

Nazwa kolejki plgrid plgrid-long plgrid-testing topola
Maksymalny walltime 72h 168h 1h 168h
Maksymalny cputime brak brak brak brak
Domyślny walltime brak brak brak brak
Domyślny cputime brak brak brak brak
Grupa użytkowników plgrid plgrid plgrid ICM KDM

Walltime oznacza czas trwania zadania, niezależnie od liczby wykorzystywanych procesorów. CPUtime to czas walltime pomnożony przez liczbę przydzielonych danemu zadaniu procesorów (rdzeni). Szczegółowe informacje o właściwościach kolejki można sprawdzić poleceniem:

scontrol show partition nazwa_kolejki

Opis węzłów klastra

Własności węzłów w systemie kolejkowym Model CPU Taktowanie CPU Liczba CPU x rdzeni RAM Interconnect Liczba węzłów Topologia Nazwa
haswell Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2697 v3 2.1GHz z AVX2, do 3.0GHz w turbo mode 2 x 14 128 GB Infiniband FDR + 1Gb Ethernet 60 schemat t1-[1-12],t[13-15]-[1-16]
haswell Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2697 v3 2.1GHz z AVX2, do 3.0GHz w turbo mode 2 x 14 64 GB Infiniband FDR + 1Gb Ethernet 163 schemat t1-[13-16],t[2-12]-[1-16]
Error.png Węzły różnią się tylko wielkością pamięci RAM. System kolejkowy automatycznie dobierze typ węzła w zależności od zapotrzebowania na pamięć podaną przez użytkownika

Przechowywanie plików

Katalog domowy użytkownika, do którego użytkownik trafia po zalogowaniu się na maszynę login.icm.edu.pl, widoczny jest też jako katalog domowy przez programy uruchamiane na hydrze poprzez system kolejkowy. Zadania uruchomione w systemie kolejkowym mają także dostęp do katalogu tymczasowego /tmp, który jest osobny dla każdego węzła i po zakończeniu zadania jego zawartość jest automatycznie kasowana. W razie potrzeby można korzystać także z tymczasowego katalog współdzielonego. Więcej na ten temat można znaleźć w rozdziale Przechowywanie_danych.

Przykłady, jak kopiować dane do i z ICM oraz pomiędzy poszczególnymi maszynami dostępne są na osobnej stronie.

Instalacja oprogramowania

Informacje na temat sposobów instalacji oprogramowania na topoli znajdują się na osobnej stronie.

Zainstalowane oprogramowanie

Listę oprogramowania na Topoli można wyświetlić poleceniem wydanym z węzła dostępowego (czyli login.icm.edu.pl)

srun -p topola -A G99-99 bash -l -c  "module avail"


gdzie "G99-99" - numer grantu obliczeniowego danego użytkownika.


  • abaqus
    • abaqus/6.12-3
    • abaqus/6.13-3


  • abinit
    • abinit/7.4.3
    • abinit/8.0.6
    • abinit/8.2.2
    • abinit/8.4.4



  • bwa
    • bwa/0.7.12




  • cp2k
    • cp2k/2.4.0
    • cp2k/2.6.1
    • cp2k/4.1


  • cpmd
    • cpmd/3.17.1
    • cpmd/v4





  • elk
    • elk/4.0.15
    • elk/4.3.6
    • elk/4.3.6_libxc


  • espresso
    • espresso/4.3.2
    • espresso/5.0.2
    • espresso/5.0.3
    • espresso/5.1.1
    • espresso/5.2.0
    • espresso/5.3.0
    • espresso/6.1.0
    • espresso/6.3.0



  • fluent
    • fluent/14.5
    • fluent/15.0.7
    • fluent/16.1.0
    • fluent/16.2.0
    • fluent/17.0.0
    • fluent/17.1.0
    • fluent/17.2.0
    • fluent/18.0
    • fluent/18.2
    • fluent/19.0


  • fluka
    • fluka/2011.2c
    • fluka/2011.2c-3





  • genesis
    • genesis/parallel/2.3.1
    • genesis/sequential/2.3


  • gromacs
    • gromacs/4.6.5
    • gromacs/4.6.5-intel13.1
    • gromacs/5.0.6-plumed-2.2.1
    • gromacs/5.0.6-qmmm-orca
    • gromacs/5.1.1


  • hadoop
    • hadoop/cdh-4.3.0
    • hadoop/cdh-tt-4.3.0



  • julia
    • julia/0.5.0
    • julia/0.6.2


  • lammps
    • lammps/6Dec13-mkl
    • lammps/16Mar18
    • lammps/16Mar18_mpi3
    • lammps/30Jul16
    • lammps/30Jul16_reax


  • mathematica
    • mathematica/8.0
    • mathematica/10.3
    • mathematica/11.0


  • matlab
    • matlab/R2013a
    • matlab/R2015b
    • matlab/R2016b


  • meep
    • meep/1.2
    • meep/1.3







  • nwchem
    • nwchem/6.3
    • nwchem/6.8





  • orca
    • orca/3.0.1
    • orca/3.0.3
    • orca/4.0.1







  • r
    • r/3.0.2
    • r/3.1.0
    • r/3.1.2
    • r/3.5.1



  • rosetta
    • rosetta/2013wk48-bin
    • rosetta/2013wk48-bin_single


  • rx
    • rx/gnu/3.1.2
    • rx/gnu/3.3.1
    • rx/gnu/3.3.2
    • rx/gnu/3.3.3
    • rx/gnu/3.4.0
    • rx/intel/3.1.2
    • rx/intel/3.3.1
    • rx/intel/3.3.2
    • rx/intel/3.3.3
    • rx/intel/3.4.0



  • siesta
    • siesta/3.2-pl3
    • siesta/4.0b



  • vasp
    • vasp/4.6
    • vasp/5.3.3-mkl
    • vasp/5.3.3-neb-mkl
    • vasp/5.3.3-noncollinear-mkl
    • vasp/5.4.1
    • vasp/5.4.1_VTST
    • vasp/5.4.1_wannier
    • vasp/5.4.4
    • vasp/5.4.4_optics
    • vasp/5.4.4_wannier


Pomoc

Więcej informacji uzyskać można pod adresem pomoc@icm.edu.pl.