Schrodinger

Schrödinger schrodinger.com Na licencji: komercyjna
konieczna własna licencja użytkownika
Lista aplikacji
Oprogramowanie Schrödinger
Produkt: wielopakiet
Producent: Schrödinger
Licencja: krajowa, płatna
Wersja: Suite 2014
Email: schrodinger@icm.edu.pl
Oprogramowanie Schrödinger w ICM
Nowinki
Zasady licencji 2016
Uruchamianie
"Gotowe rozwiązania", pomoc
Szkolenia, spotkania, seminaria
Poradniki
Poradnik ICM: Modelowanie biomolekularne
(Joanna Trylska, Magdalena Gruziel)
Poradnik ICM: Projektowanie leków
(Piotr Setny)
molnet.eu - niezależny portal internetowy
poświęcony modelowaniu; redagowany
przez Marka Doskocza

Schrödinger jest zestawem oprogramowania wspomagającym proces projektowania leków na każdym z jego etapów m.in. w projektowaniu leków opartym na strukturze, przewidywania właściwej struktury umożliwi program Prime, szybkie i dokładne dokowanie małych cząsteczek - potencjalnych leków - do białek umożliwi jeden z czołowych na rynku programów dokujących Glide, powinowactwo ligandów i receptorów - Liaison, zaś Qsite pozwoli na badania mechanizmów reakcji w miejscu aktywnym białka.

Dodatkowo, oprogramowanie Schrödinger zawiera wyspecjalizowane programy do symulacji ab initio - Jaguar, oraz dynamiki molekularnej lub hybrydowej stochastycznej dynamiki molekularnej - Macromodel. Wszystkie programy, wymienione powyżej i nie tylko, zintegrowane są w ramach wspólnego środowiska Maestro służącego także, a może przede wszystkim do wizualizacji. Dla instytucji akademickich Maestro jest programem darmowym.


Licencja na rok 2015 będzie obejmować programy Glide, XP Visualizer Floating Licenses From Date of Delivery, 30 Tokens for interchangeable library including Canvas, CombiGlide,ConfGen, Core Hopping, Desmond, Desmond GPU, Epik, Field-based QSAR, Glide, Impact, Jaguar, Jaguar pKa, Liaison, LigPrep, MacroModel, Membrane Permeability, P450 SOM Prediction, Phase, Shape Screening, Prime, PrimeX, QikProp, QSite, SiteMap, Strike, XP, KNIME

Licencja na rok 2014 będzie obejmować programy: Impact, Liaison, Jaguar, pKa Predictor, MacroModel, Epik, QikProp, SiteMap, Strike, ConfGen, MINTA, LigPrep, Prime, QSite, CombiGlide, Phase, PrimeX, MCPro+, Canvas, Core Hpping, Field-Based QSAR, P450 SOM, Glide, XP Visualizer, KNIME, Maestro.

Nowinki

Zachęcamy do przyłączania się do licencji krajowej. Jednocześnie przypominany, że instytucje, które nie przedłużą licencji stracą 1 lutego 2014 dostęp do oprogramowania Schrodinger.


Przykładowy skrypt na system Hydra

#!/bin/bash -l
#SBATCH -J schjob
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 12
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00
#SBATCH -A GRANT_ID
#SBATCH -p  hydra
#SBATCH -C westmere
#SBATCH --output="schjob.out"

module load schrodinger/2013-3
mpirun ./program.x arguments

Dostępne instalacje