Oprogramowanie genetyczne

Strona zawiera listę aplikacji zainstalowanych w ośrodku ICM na potrzeby badań i analiz genetycznych. Poniżej znajdziemy listę aplikacji oraz przykłady ich prostych uruchomień umożliwiających zapoznanie się z parametrami.

Przed rozpoczęciem pracy na maszynach w ośrodku ICM należy zapoznać się ze sposobem zlecania obliczeń. W tym celu można skorzystać m.in. z:

  • oprogramowania UNICORE,
  • bezpośrednio z dostępu do systemu kolejkowego.

W przypadku pierwszym warto zapoznać się z podręcznikiem użytkownika UNICORE (dodatkowe odnośniki można znaleźć na stronie Podręcznik_użytkownika). Natomiast w przypadku drugim, należy zapoznać się z obsługą obliczeń w systemie kolejkowym SLURM.


Bioinformatic and Genetic Software at ICM

Application Accessibility Modules Websites / Details
Atomsk plgrid/tools/atomsk http://atomsk.univ-lille1.fr/
Bismark plgrid/apps/bismark http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/bismark/
BLAST+ plgrid/apps/blastplus http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
Bowtie2 plgrid/apps/bowtie2 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/
BWA plgrid/apps/bwa http://bio-bwa.sourceforge.net/
CD-HIT TODO http://weizhongli-lab.org/cd-hit/
Clustal Omega plgrid/apps/clustal-omega http://www.clustal.org/omega/
Cufflinks plgrid/apps/cufflinks http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/
Cutadapt plgrid/tools/cutadapt http://code.google.com/p/cutadapt/
FastQC plgrid/apps/fastqc http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/
GATK plgrid/apps/gatk http://www.broadinstitute.org/gatk/
GNU Parallel plgrid/tools/parallel http://www.gnu.org/software/parallel/
HOMER plgrid/apps/homer http://homer.salk.edu/homer/
HTSeq plgrid/tools/htseq http://www-huber.embl.de/HTSeq/
IDBA TODO https://code.google.com/p/hku-idba/
Open Babel plgrid/tools/openbabel http://openbabel.org/
Picard Tools plgrid/tools/picard-tools http://broadinstitute.github.io/picard/
R plgrid/apps/r http://www.r-project.org/
RepeatMasker TODO http://www.repeatmasker.org/
RNA-SeQC plgrid/apps/rna-seqc http://www.broadinstitute.org/cancer/cga/rna-seqc/
Sambamba plgrid/tools/sambamba http://lomereiter.github.io/sambamba/
SAMtools plgrid/tools/samtools http://samtools.sourceforge.net/
SOAPdenovo plgrid/tools/soapdenovo http://soap.genomics.org.cn/
SOAPdenovo-Trans TODO http://soap.genomics.org.cn/
Trinity TODO http://trinityrnaseq.github.io/
Trim Galore! plgrid/tools/trim-galore http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/
TopHat plgrid/apps/tophat http://ccb.jhu.edu/software/tophat/
Xenome plgrid/apps/xenome http://bioinformatics.research.nicta.com.au/software/xenome/

Poszczególne kolumny zawierają odpowiednio:

  • nazwę aplikacji (pełną lub skróconą),
  • dostępność aplikacji na określonych maszynach w ICM oraz informacja czy aplikacja posiada wpis IDB w oprogramowaniu UNICORE (który umożliwia m.in. korzystanie z Generic GridBeana),
  • ścieżkę Modules definiującą środowisko użytkownika dla danej aplikacji,
  • odnośnik do strony aplikacji.

Checking version

To check application version one should use Modules path presented in table above.

It is enough to submit a script job to queuing system with subcommand avail of module program. Example below presents a command for application GATK.

module avail plgrid/apps/gatk

The way of running a script job directly from submit host is described here: Hydra#Zainstalowane_oprogramowanie (in polish).

Of course, for that purpose one can always use UNICORE.

How to run it

Error.png Most applications based on Java have predefined alias jrun in modules which helps running programs in batch mode.
Technically, this is a script which automatically sets JVM memory limit based on parameters passed to batch queuing system.
  • Atomsk

module load plgrid/apps/atomsk
atomsk -h

  • Bismark

module load plgrid/apps/bismark
bismark --help

  • BLAST+

module load module load plgrid/apps/blastplus
legacy_blast.pl --help
blastp -help

  • Bowtie2

module load plgrid/apps/bowtie2
bowtie2 -h

  • BWA

module load plgrid/apps/bwa
bwa

  • Clustal Omega

module load plgrid/apps/clustal-omega
clustalo --help

  • Cufflinks

module load plgrid/apps/cufflinks
cufflinks

  • Cutadapt

module load plgrid/tools/cutadapt
cutadapt --help

  • FastQC

module load plgrid/apps/fastqc
fastqc --help

  • GATK

module load plgrid/apps/gatk
jrun --help

  • GNU Parallel

module load plgrid/tools/parallel
parallel --help

  • HOMER

module load plgrid/apps/homer
findMotifs.pl

  • HTSeq

module load plgrid/tools/htseq
python
>>> import HTSeq

  • Open Babel

module load plgrid/tools/openbabel
babel -H

  • Picard Tools

module load plgrid/tools/picard-tools
jrun

  • R

module load plgrid/apps/r
R --help

  • RNA-SeQC

module load plgrid/apps/rna-seqc
jrun

  • SAMtools

module load plgrid/tools/samtools
samtools

  • Sambamba

module load plgrid/tools/sambamba
sambamba

  • SOAPdenovo

module load plgrid/apps/soapdenovo
SOAPdenovo-63mer
SOAPdenovo-127mer

  • TopHat

module load plgrid/apps/tophat
tophat --help

  • Trim Galore!

module load plgrid/tools/trim-galore
trim_galore --help

  • Xenome

module load plgrid/apps/xenome
xenome