Nostromo

Komputer
Nostromo3.jpg
Instalacja: Komputer MPP (Massively Parallel Processing)
Model: IBM Blue Gene/Q
Nazwa: nostromo
Typ procesora: PowerPC A2
Architektura: ppc 64bit
Reprezencja danych: big-endian
Częstotliwość
taktowania:
1.6 GHz
Liczba procesorów
w węźle:
16 rdzeni, 4 wątki na rdzeń
Ilość pamięci
w węźle:
16 GB SDRAM-DDR3 (1333 MTps)
System plików: GPFS
(rozproszony system plików)
System operacyjny: Blue Gene/Q Linux
System kolejkowy: SLURM
Wszystkie komputery | okeanos | boreasz | nostromo | hydra | topola
Podręcznik | Programowanie


Spis treści

Architektura

System Nostromo składa się z jednostki obliczeniowej IBM Blue Gene/Q wyposażonej w 1024 węzły obliczeniowe.

Konfiguracja węzła obliczeniowego:

  • procesor PowerPC A2, 64-bit, 1.6 GHz, 16 rdzeni SMP, 4 wątki na rdzeń,
  • pamięć - 16 GB SDRAM-DDR3 (1333 MTps)

Procesory rodziny PowerPC 64 są architekturą typu big-endian.

Węzły nie posiadają lokalnego dysku. Wyposażone są w zintegrowany kontroler I/O oraz zintegrowane kontrolery sieciowe.

Węzły klastra połączone są dedykowanym rozwiązaniem sieciowym firmy IBM: sieć 5D Torus ~ 40 GBps, 2.5 μsec latency.

Użytkowanie i przeznaczenie

Komputer jest dostępny dla zadań naukowców prowadzących obliczenia w ramach Centrum Badań Przedklinicznych i Technologii (CePT) http://cept.wum.edu.pl. Z komputera Nostromo mogą również korzystać użytkownicy centrum KDM. Osoby zainteresowane korzystaniem z Nostromo proszone są o przesłanie informacji na adres email: cept@icm.edu.pl

Komputer Nostromo udostepniony został w ramach Centrum Badań Przedklinicznych i Technologii (CePT), projektu wspolfinansowanego przez Unię Europejską z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego.

Zasady korzystania

Na system Nostromo logować mogą się wszystkie osoby posiadające konto w ICM.

Logowanie następuje na węzeł dostępowy (tzw. front-end) o nazwie nostromo. Służy on do:

  • przygotowywania programów (programowanie,kompilacja),
  • przygotowywania danych wejściowych,
  • wstawiania zadań do kolejki LoadLeveler,
  • przetwarzania wyników obliczeń.

Na węźle dostępowym nie można uruchamiać żadnych obliczeń. Serwer dostępowy oparty jest o inną architekturę (IBM POWER7), a środowisko programistyczne oparte jest na tzw. cross-kompilatorach.

Węzły obliczeniowe nie posiadają dysków lokalnych. Wszystkie obliczenia należy wykonywać korzystając z katalogu domowego.

System kolejkowy i zadania użytkowników

Zainstalowanym systemem kolejkowym jest slurm.

Aby przygotować zadanie obliczeniowe, należy stworzyć skrypt (plik) zawierający listę żądanych zasobów oraz sposób uruchomienia programu.

Przykładowe skrypty i komendy systemu kolejkowego wyświetlane są przy logowaniu na system.

System plików i przechowywanie danych

System korzysta z rozposzonego systemu plików w implementacji GPFS (http://www-03.ibm.com/systems/software/gpfs/).

Jako dysk roboczy należy wykorzystywać katalog domowy (lokalny dla klastra).


Środowisko użytkownika

Węzeł dostępowy obsługuje system operacyjny Redhat Enterprise Linux. Węzły obliczeniowe obsługiwane są przez linuksowe Compute Node Kernels (CNK) dla Blue Gene/Q.

Nie jest możliwe logowanie na węzły obliczeniowe. Zadania należy przygotowywać w całości na serwerze dostępowym.

Do ustawiania środowiska (ścieżki dostępu, biblioteki) służy narzędzie modules. Pełna dokumentacja dostępna jest po wydaniu polecenia: man module. Najważniejsze polecenia to:

module avail (Lista dostępnych modułów)

module list (Lista modułów aktualnie załadowanych przez użytkownika)

module load <nazwa modułu>

module unload <nazwa modułu>

W szczególności ustawienie kompilatorów MPI uzyskuje się po wykonaniu komendy:

module load mpi/xl

Kompilatory i biblioteki

Na komputerze Nostromo dostępne są następujące kompilatory:

  • kompilatory IBM XL C/C++ 12.1 i XL Fortran 14.1
  • nazwy kompilatorów: bgxlc, bgxlc++, bgxlf, bgxlf95, etc.
  • opcje kompilacji do generowania kodu na BG/Q: -qarch=qp, -qtune=qp

Dostępna jest biblioteka MPI dla Blue Gene/Q.

Zainstalowane oprogramowanie

Pakiety naukowe są instalowane w drzewie katalogów /opt:




  • cmake
    • cmake/2.6.4
    • cmake/2.8.10
    • cmake/2.8.9


  • cp2k
    • cp2k/2.3
    • cp2k/2.3-dev
    • cp2k/2.5.1


  • cpmd
    • cpmd/bgq_09082013





  • fftw
    • fftw/2.1.5
    • fftw/3.1.2_essl
    • fftw/3.3.3


  • gromacs
    • gromacs/4.6.1
    • gromacs/4.6.3
    • gromacs/4.6.7
    • gromacs/4.6.7-plumed
    • gromacs/4.6.7-plumed-hrex



  • lammps
    • lammps/22Mar13-fftw3
    • lammps/22Mar13-fftw3_essl
    • lammps/30Jul16




  • mpi
    • mpi/gnu
    • mpi/xl


  • namd
    • namd/2.8
    • namd/2.9-devel


  • neuron
    • neuron/7.3-dev
    • neuron/7.3-dev-old
    • neuron/7.4-dev











  • upc
    • upc/2.18.2



  • x10
    • x10/2.4.3
    • x10/2.5.0



Dokumentacja

  • IBM System Blue Gene Solution: Blue Gene/Q Application Development PDF

Nazwa Nostromo

Nostromo - Giovanni Battista Fidanza, młody Genueńczyk, zbiegły marynarz, przywódca pracowników portowych w Sulaco, bohater powieści Josepha Conrada z 1904 roku.

Nazwa Nostromo wyłoniona została w wyniku konkursu i głosowania, w którym uczestniczyło ok. 100 pracowników ICM.