Namd

NAMD University of Illinois Na licencji: NAMD Lista aplikacji

NAMD (Not (just) Another Molecular Dynamics program) jest to pakiet służący do przeprowadzania symulacji metodą dynamiki molekularnej (MD) przy użyciu pola siłowego Charm++ . Pozwala to na analizę ruchów i oddziaływań dużych i bardzo dużych cząsteczek biologicznych (np. białek, DNA, RNA). Pakiet wykazuje bardzo dobre skalowanie dla dużych układów i pozwala na prowadzenie masywnie równoległych symulacji

Przykladowy skrypt PBS (dla klastra halo2) wstawiajacy zadanie NAMDa do kolejki:

#!/bin/tcsh
#PBS -N namd_job
#PBS -q halo2
#PBS -A PROJEKT
#PBS -l nodes=2:ppn=16
#PBS -l walltime=00:15:00
#PBS -l mem=16gb
#PBS -m e
#PBS -m a
#PBS -r n
##

set NAMD_CONFIG_FILE=tcell_test.namd 

module load openmpi/1.4.2/gcc4.4.3

echo Job $PBS_JOBNAME started
echo "  "  at `date`
echo "  "  on host `hostname`
echo "  "  will run on `cat < $PBS_NODEFILE`
echo "  " NAMD config file is $NAMD_CONFIG_FILE

set NODES = `cat $PBS_NODEFILE`
@ NUMPROCS = $#NODES 

cd $PBS_O_WORKDIR

/opt/namd/bin/charmrun +p$NUMPROCS ++mpiexec /opt/namd/bin/namd2 $NAMD_CONFIG_FILE > $PBS_JOBNAME.out

echo Job finished at `date`



Przykladowy skrypt SLURM (dla klastra hydra) wstawiający zadanie NAMDa do kolejki:

#!/bin/bash -l
#SBATCH -J namd_test
#SBATCH -N 1 
#SBATCH --ntasks-per-node 12
#SBATCH --mem 5000
#SBATCH --time=20:00:00 
#SBATCH -A G01-05
#SBATCH -p  hydra
#SBATCH -C westmere 
#SBATCH --output="namd.out" 
#SBATCH --mail-type=ALL 
#SBATCH --mail-user=user@email.domain


module load namd/2.9b2
charmrun +p12 ++mpiexec namd2 input > output



Przykladowy skrypt SLURM (dla klastra nostromo) wstawiający zadanie NAMDa do kolejki:

#!/bin/csh
#SBATCH --time=1:0:0
#SBATCH --nodes=128
#SBATCH --job-name="namd_test"
#SBATCH --output="namd.out"
#SBATCH --account=G01-05
#SBATCH --qos=hpc

module load namd/2.8 srun --ntasks-per-node 16 namd2 stmv.namd


Uwaga! na serwerze NOSTROMO nie specyfikujemy partycji.



Dostępne instalacje