Biuletyn nr 8: Tripos

Biuletyn KDM
1 | 2 | 3 | 4 | 5
6 | 7 | 8 | 9 | 10
11 | 12 | 13 | 14
15 | 16 | 17 | 18
19 | 20 | 21 | 22
23 | 24 | 25 | 26
27 | 28 | 29 | 30
31 | 32
Lista biuletynów

Autor: ma autora::Piotr Setny

jest częścią::Biuletyn nr 8 tytuł:=Tripos krótki tytuł:=Tripos data publikacji:=2006-01-27 numer biuletynu:=8 słowo kluczowe:=Oprogramowanie słowo kluczowe:=Tripos

Tripos (http://www.tripos.com ) jest jedynym z największych dostawców oprogramowania mającego zastosowanie w naukach biomolekularnych. Firma istnieje od ponad 25 lat i ma siedzibę w Saint Louis w USA. Jej głównym produktem jest program Sybyl (obecnie w wersji 7.1), stanowiący zbiór wielu pakietów, których funkcjonalność obejmuje następujące dziedziny:

  • Konstruowanie nowych molekuł, optymalizacja i analiza ich struktury oraz symulacje dynamiki molekularnej. W skład programu wchodzi moduł pozwalający na wygodne konstruowanie złożonych cząsteczek chemicznych. Możliwe jest również importowanie struktur zapisanych w formacie SMILES. Generowanie struktur przestrzennych zapewnia program Concord (wykorzystujący szybkie algorytmy empiryczne do przewidywania prawdopodobnych struktur małych cząsteczek), moduł mechaniki molekularnej, bądź, wykorzystujący kwantowe metody półempiryczne, program Mopac. Moduł dynamiki molekularnej wykorzystujący pola siłowe Amber, Kollman, MMFF, Tripos pozwala na prowadzenie symulacji w zespołach NVE, NVT oraz NPT.
  • Projektowanie leków. Pakiety służące do projektowania leków stanowią mocną stronę oprogramowania firmy Tripos. Wśród nich znajdują się programy z grupy FlexX, przeznaczone do projektowania leków w oparciu o strukturę receptora, z których warto wymienić FlexX-Pharm (umożliwiający zdefiniowanie więzów farmakoforycznych) oraz FlexX-E (pozwalający na uwzględnienie giętkości receptora). Oba umożliwiają dokowanie pojedynczych molekuł jak i całych baz danych. Analizę wyników wspomaga moduł CScore, zawierający zbiór kilkunastu popularnych funkcji oceniających oraz algorytmy przesiewania wyników w oparciu o różnorodne kryteria. Generowanie farmakoforu na podstawie znanych ligandów umożliwiają programy GASP, DISCOtech oraz Tuplets. Sybyl zawiera także rozbudowane moduły do analizy QSAR. Cennym dodatkiem jest możliwość analizy pól molekularnych (CoMFA), opatentowana przez firmę Tripos.
  • Przeszukiwanie molekularnych baz danych. Moduł Unity pozwala na przeszukiwanie molekularnych baz danych w oparciu o rozbudowany system zapytań. Możliwe jest także wyszukiwanie cząsteczek o określonej strukturze przestrzennej, spełniających więzy farmakoforyczne wygenerowane na podstawie zadanej struktury receptora.
  • Analiza i generowanie struktur białek i kwasów nukleinowych. Narzędzia wchodzące w skład modułu Biopolymer umożliwiają przewidywanie struktur drugo- i trzeciorzędowych oraz konstruowanie "pętli" w białkach w oparciu o homologię w stosunku do znanych molekuł (razem z oprogramowaniem Tripos dostarczana jest baza danych Prodat, zawierająca wysokiej jakości struktury białkowe) jak i "de novo", wykorzystując dostępne pola siłowe. Moduł ProTable pozwala na powiązanie właściwości strukturalnych białka z jego sekwencją i analizę właściwości fizykochemicznych poszczególnych aminokwasów przy wykorzystaniu wbudowanego arkusza kalkulacyjnego. Dzięki modułowi SiteID możliwe jest znajdowanie potencjalnych miejsc wiążących.

Poza wymienionymi możliwościami Sybyl pozwala również na generowanie molekularnych bibliotek kombinatorycznych, ocenę toksyczności potencjalnych ligandów czy też analizę danych NMR. Warto również wspomnieć o bogatych możliwościach wizualizacji molekuł (małych cząsteczek jak i białek) i ich właściwości fizykochemicznych. Dodatkową zaletą programu jest wbudowany język skryptowy SPL ( SYBYL Programming Language) pozwalający na zautomatyzowanie często powtarzanych czynności oraz pisanie własnych modułów (łącznie z interfejsem graficznym).

Wszystkie pakiety pracują pod wspólnym interfejsem graficznym i wykorzystują wspólny format zapisu, dzięki czemu dane i struktury molekuł wygenerowane przez jeden moduł mogą być bez problemu wykorzystane w innym.

Wymagania sprzętowe

Z oprogramowania firmy Tripos można z powodzeniem korzystać na średniej klasy komputerze osobistym działającym w środowisku Linux. Choć producent zaleca wykorzystanie dystrybucji RedHat Enterprise Linux, program działa bez problemów pod darmowym systemem Fedora Core. Sybyl działa także na komputerach SGI z systemem operacyjnym IRIX oraz na stacjach roboczych HP.

Dostępność oprogramowania - system licencji krajowej

Ponieważ program Sybyl w dużym stopniu bazuje na graficznym interfejsie użytkownika i pracy interaktywnej najwygodniejszym sposobem korzystania z niego jest praca na własnym komputerze. Zakup licencji dla użytkowników akademickich na korzystnych warunkach umożliwia system licencji krajowej. Dzięki niemu za fundusze Ministerstwa Nauki i Informatyzacji funkcjonuje w Polsce centralny serwer licencji zlokalizowany w ICM. Poszczególni użytkownicy uzyskują do niego dostęp po podpisaniu umowy z firmą Tripos i uiszczeniu na jej rzecz stosownej opłaty (szczegóły tutaj: Tripos).

Linki

  • Informacje o licencji krajowej na oprogramowanie Tripos

Pomocy technicznej i dodatkowych informacji na temat oprogramowania firmy Tripos udziela Piotr Setny.