Biuletyn nr 8: Rozbudowa klastra halo

Biuletyn KDM
1 | 2 | 3 | 4 | 5
6 | 7 | 8 | 9 | 10
11 | 12 | 13 | 14
15 | 16 | 17 | 18
19 | 20 | 21 | 22
23 | 24 | 25 | 26
27 | 28 | 29 | 30
31 | 32
Lista biuletynów

Autor: ma autora::Łukasz Bolikowski

jest częścią::Biuletyn nr 8 tytuł:=Rozbudowa klastra halo krótki tytuł:=Rozbudowa halo data publikacji:=2006-01-27 numer biuletynu:=8 słowo kluczowe:=Ważna zmiana

Klaster halo został ostatnio istotnie rozbudowany. Oprócz dotychczasowych węzłów, dostępnych jest 12 węzłów z czteroma procesorami Opteron 2.2GHz dual-core. Dwurdzeniowość (dual-core) sprawia, że węzły są logicznie 8-procesorowe.

W nowej części klastra znajduje się też więcej pamięci: po 16 GB RAM i 112 GB dyskowej w każdym nowym węźle.

Cały klaster wygląda więc teraz następująco:

  • 97x 2x AMD Opteron 2GHz, 2 GB RAM, 76 GB HDD
  • 12x 8x AMD Opteron 2.2GHz, 16 GB RAM, 112 GB HDD (nowe węzły)

Spis treści

Programowanie

Programy równoległe napisane przy pomocy biblioteki MPI mogą korzystać z nowych węzłów, podobnie jak to miało miejsce ze "starymi" węzłami.

Chcąc jednak maksymalnie wykorzystać możliwości nowych węzłów, warto zrównoleglać programy wykorzystując mechanizm OpenMP, opisywany w Biuletynie nr 7.

Do jakich obliczeń warto używać?

Nowe węzły z pewnością będą przydatne dla użytkowników uruchamiających programy wymagające pamięci współdzielonej i jak największej liczby procesorów (np. program Gaussian). Na te węzły pasują też doskonale programy zrównoleglone dyrektywami OpenMP. Wreszcie, węzły są w stanie przyjąć programy wymagające bardzo dużej pamięci RAM.

Kolejki

Chcąc skierować swoje zadanie na nowe węzły, należy w skrypcie PBS umieścić linijkę:

 #PBS nodes=1:ppn=4,1:ppn=8

Proszę zauważyć, że zadania jedno- i dwuprocesorowe nie zostaną skierowane na węzły 8-procesorowe. Szerzej o systemie PBS i systemach kolejkowych w ICM pisaliśmy w Biuletynie nr 4.

Dostęp do klastra

Każdy użytkownik posiadający konto na klastrze halo ma dostęp zarówno do starych, jak i do nowych węzłów.

Ci z użytkowników ICM, którzy nie posiadają konta na klastrze halo, a chcieliby je uzyskać, proszeni są o przesłanie zgłoszenia na adres hpc-admins@icm.edu.pl (nie są wymagane żadne dodatkowe formularze/podpisy/pisemne wnioski).