Biuletyn nr 20

Biuletyn KDM
1 | 2 | 3 | 4 | 5
6 | 7 | 8 | 9 | 10
11 | 12 | 13 | 14
15 | 16 | 17 | 18
19 | 20 | 21 | 22
23 | 24 | 25 | 26
27 | 28 | 29 | 30
31 | 32
Lista biuletynów

Biuletyn nr 20 (26 marca 2007).

Spis treści


Sesja szkoleniowo-sprawozdawcza

Autor: Maciek Cytowski

Sesja, sesja i już po sesji. W tym roku sesja szkoleniowo-sprawozdawcza odbyła się w ośrodku Geovita w Jadwisinie pod Warszawą. Program sesji był bardzo bogaty i wypełniał praktycznie cały czas od rana do wieczora. Nieliczni jednak znaleźli również chwile na spacery wzdłuż brzegu Zalewu Zegrzyńskiego. Prawdziwi szczęściarze mogli nawet obserwować rzadko spotykane gatunki ptaków, które nieświadome bliskości ogromnej Warszawy spływały spokojnie na kawałkach kry do zegrzyńskiego zbiornika.

Sesja podzielona była na panele tematyczne: "Obliczenia wielkoskalowe, Środowisko", "Zrównoleglanie aplikacji", "Nauki społeczne, Astronomia", "Fizyka materiałów, układy biomolekularne" oraz "Interdyscyplinarne". Odbyło się ponad 30 prezentacji oraz pokazanych zostało 14 posterów, i to wszystko w niecałe 3 dni. Uczestników ratowały nieśmiertelne przerwy kawowe. Wieczorami w barze był z kolei czas na spokojną analizę i dyskutowanie tematów podjętych na sesji.

Sesję należy uznać za niezwykle udaną. Główny organizator całego tego zamieszania, walczący na sesji z laptopami, rzutnikami, wskaźnikami, tablicami na postery, światłem, kierowcą autokaru oraz przeziębieniem - Piotrek Kmieć, przygotował dla nas wszystkich jeszcze jedną niespodziankę - zdjęcia z sesji.

Życzę Państwu miłego oglądania.


Jadwisin 2007.jpg


Prezentacje pracowników ICM:

dr Bogumił Jakubiak - "Badania związane z operacyjnym wdrożeniem mezoskalowego modelu prognoz pogody COAMPS" - PDF

mgr Maciej Cytowski - "Obliczenia równoległe w ICM" - PDF

mgr Łukasz Walewski - "Obliczenia równoległe w chemii kwantowej" - PDF

mgr Franciszek Rakowski - "Oprogramowanie Mathematica w ICM" - PDF

mgr Bartosz Borucki - "Obliczenia rozproszone i równoległe w środowisku Matlab" - PDF

dr hab. Wojciech Grochala - "Badania struktury elektronowej i fononowej dla nowych fluorków Ag(II), wodorków polinarnych oraz pochodnych MgB2" - PDF

dr Witold Rudnicki - "Serwis bioinformatyczny KDM" - PDF

dr Maciej Filocha - "Wybrane problemy modelowania środowiska" - PDF

mgr Łukasz Bolikowski - "Nowa konfiguracja systemu kolejkowego na halo. Co robić, aby krócej czekać w kolejkach?" - PDF



Co robić, aby nie stać w nieskończoność w kolejce na halo?

Autor: Łukasz Bolikowski

Istotnym elementem ostatniej zmiany konfiguracji halo (opisanej m.in. w poprzednim numerze, a także prezentowanej w czasie sesji sprawozdawczej w Jadwisinie), jest pewnego rodzaju deregulacja. System w mniejszym niż dotychczas stopniu ingeruje w zadania użytkowników, w szczególności nie usuwa zadań, które prawdopodobnie nie mają szans się policzyć. Ten krótki artykuł ma na celu pokazanie, jak uniknąć pewnej częstej pomyłki, która w ostatnim czasie prowadzi do czekania w nieskończoność w kolejce.

Powszechnym błędem jest deklarowanie zbyt wysokiej wartości dla limitu dyskowego. Na przykład w deklaracji:

 #PBS -l nodes=1:ppn=8
 #PBS -l file=40gb

żądamy 40 GB dysku na procesor, czyli w sumie 8*40 GB = 320 GB na węzeł, podczas gdy dyski lokalne w węzłach mają zazwyczaj dostępne ok. 80 GB do 100 GB miejsca (w zależności od konfiguracji). Aby zadeklarować 40 GB pamięci dyskowej w sumie na węzeł (co zazwyczaj jest intencją użytkownika), należy przy deklaracji podzielić tę wartość przez wartość ppn:

 #PBS -l nodes=1:ppn=8
 #PBS -l file=5gb



Warsztaty KFnrD

Autor: Łukasz Bolikowski

W drugiej połowie lutego odbyły się w ICM warsztaty dla stypendystów Krajowego Funduszu na rzecz Dzieci. Podobnie jak szereg innych istytucji naukowych w Polsce, ICM od wielu lat współpracuje z KFnrD, organizując warsztaty modelowania matematycznego dla uzdolnionej młodzieży licealnej zainteresowanej naukami ścisłymi (por. artykuł o zeszłorocznych warsztatach).

W tym roku uczestnicy warsztatów pracowali nad pięcioma zagadnieniami:

  • Modelowanie tunelowania cząstki przez barierę potencjału - numeryczne rozwiązywanie równania Schroedingera (prowadzący: Michał Łopuszyński)
  • Analiza modelu Lorenza - szukanie stanów stacjonarnych, orbit stabilnych, dziwnych atraktorów, badanie dynamiki trajektorii (prowadzący: dr hab. Remigiusz Brojewski)
  • Automatyczna klasyfikacja tematyczna artykułów naukowych na podstawie analizy treści, wykonywana na podstawie tzw. profili N-gramów (prowadzący: dr Witold Rudnicki i Konrad Wawruch)
  • Obliczenia numeryczne przy użyciu procesorów Cell BE (prowadzący: Maciej Cytowski i Maciej Remiszewski - IBM Polska)
  • Segmentacja obrazów pochodzących z danych medycznych, automatyczne oznaczanie interesujących obszarów (dr Krzysztof Nowiński)

Ponadto prof. Marek Niezgódka i dr hab. Wojciech Grochala wygłosili wykłady na temat modelowania, odpowiednio, w matematyce i chemii.

Tak wyglądała praca:

Kfnrd2007.chemia.jpg Kfnrd2007.lab1.jpg Kfnrd2007.lab2.jpg

A to niektóre efekty pracy:

Lorenz-blad.png MRI-oryginalny.gif MRI-segmentacja.gif
Narastanie początkowego błędu w modelu Lorenza (autor: Jakub Konieczny) Segmentacja danych medycznych (autor: Benedykt Błaszkiewicz)
Kwanty-TWielgocki.png
Tunelowanie cząstki, program Matlab (autor: Tomasz Wielgocki)
Kwanty-PZuk.png Kwanty-PTredak.png
Tunelowanie cząstki, program Matlab (autor: Paweł Żuk) Tunelowanie cząstki, program Mathematica (autor: Przemysław Trędak)