Amber

Amber ambermd.org Na licencji: akademicka Lista aplikacji


Amber

Nazwa AMBER obejmuje zarówno pole siłowe wykorzystywane w symulacjach biomolekularnych, jak i pakiet oprogramowania pozwalający na wykonywanie tych symulacji. Aktualna wersja AMBERa zainstalowana w ICM nosi numer 12.

Na pakiet AMBER składa się wiele programów. Najważniejsze z nich to:

  • sander

Simulated annealing with NMR-derived energy restraints. Program pozwala na poprawianie struktur uzyskanych metodą NMR na podstawie uzyskanych z NOE więzów na odległości i kąty torsyjne, z funkcją kary (ang. penalty function) bazującą na przesunięciach chemicznych i objętościach NOESY (ang. NOESY volumes). sander jest podstawowym programem do przeprowadzania symulacji dynamiki molekularnej.

  • gibbs

Program pozwala na obliczenia zaburzeń energii swobodnej (FEP), całkowanie termodynamiczne (TI, metodami window growth, slow growth i dynamically modified windows) oraz potencjału średniej siły (PMF).

  • roar

Ten moduł jest autorstwa grupy Kena Merza z Uniwersytetu Stanowego Pennsylwanii. Pozwala na mieszane obliczenia kwantowomechaniczne i mechaniki molekularnej (QM/MM), ,,prawdziwe symulacje Ewalda i zmienne integratory dynamiki molekularnej (ang. alternate molecular dynamics integrator).

  • nmode

Program do analizy modów normalnych, używający informacji z pierwszych i drugich pochodnych. Używany do poszukiwania minimów lokalnych i stanów przejściowych oraz analizy modów drgań (ang. vibrational analysis).

  • LEaP

Jest to program wykorzystujący interfejs graficzny X Window, pozwalający na budowanie prostych modeli i tworzenie plików wejściowych (input files) AMBERa zawierających współrzędne, topologię i inne parametry. Zawiera edytor molekuł pozwalający na budowanie residuów i manipulowanie cząsteczkami.

  • interface

Interface to język skryptowy pozwalający na uruchamianie programów sander i gibbs ze specyfikacją wejściową wyższego poziomu (higher-level input specification). Zawiera funkcje takie jak pętle DO, instrukcje IF i GOTO, pozwala na przypisywanie wartości zmiennym... Umożliwia uruchomienie wielu zadań AMBERa z jednego skryptu przy zmianie zadanych parametrów w kolejnych symulacjach. Na przykład można wykonać serię obliczeń przy zmienianych w pętli DO wartościach więzu na wielkość zadanego kąta torsyjnego.


Dokumentacja

Dla nowych użytkowników pakietu bardzo pomocne będą tutoriale zamieszczone na stronie domowej pakietu. Dostępna jest także pełna dokumentacja Ambera (w formacie pdf). Ponadto istnieje lista dyskusyjna użytkowników Ambera.

Dostępne instalacje